As Directivas Aves e Habitats estão harmonizadas e transpostas para o direito nacional pelo Decreto-Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de Abril, com a redacção que lhe foi dada pelo Decreto-Lei n.º 49/2005, de 24 de Fevereiro, que define os procedimentos a adoptar em Portugal para a sua aplicação.
Das 39 ZPE e 60 Sítios de Importância Comunitária existentes no território continental, 17 ZPE e 14 Sítios estão localizados no Alentejo. Estas áreas classificadas abrangem uma superfície total terrestre de 1 979 519,40 ha, representando cerca de 20,5% do território do Continente, a que acresce uma superfície marinha de 105 308,5 ha.
Sítios da Lista Nacional (criados ao abrigo das Resoluções do Conselho de Ministros n.o 142/97, de 28 de Agosto, e nº 76/2000, de 5 de Julho), os quais foram entretanto designados como Sítios de Importância Comunitária (SIC) para a Região Biogeográfica Atlântica (Decisão da Comissão de 7 de Dezembro de 2004, nº C(2004) 4032 Joc L 387 de 29 de Dezembro (2004/813/CE), e para a Região Biogeográfica Mediterrânica (Decisão da Comissão de 19 de Julho de 2006, nº C(2006) 3261 Joc L 259 de 21 de Setembro de 2006 (2006/613/CE).
Zonas de Protecção Especial - As Zonas de Protecção Especial do Continente estão publicadas através dos Decretos-Lei nº 280/94, de 5 de Novembro (Estuário do Tejo) e nº 384-B/99, de 23 de Setembro (as restantes). O Decreto-Lei nº 141/2002, de 20 de Maio, altera os limites das ZPE do Tejo Internacional, Erges e Pônsul e de Moura/Mourão/Barrancos; o Decreto-Regulamentar nº 6/2008, de 26 de Fevereiro cria as ZPE de Monforte, Veiros, Vila Fernando, São Vicente, Évora, Reguengos, Cuba e Piçarras; o Decreto-Regulamentar nº 10/2008, de 26 de Março cria as ZPE de Monchique e Caldeirão; e o Decreto-Lei nº 59/2008, de 27 de Março altera os limites das ZPE de Moura/Mourão/Barrancos e Castro Verde.
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